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Dans les années 1870, la découverte des microbes par Louis Pasteur a constitué une révolution pour la médecine scientifique. En expliquant la cause des maladies infectieuses, le chercheur comprenait en même temps quel devait être leur antidote : la vaccination. Son succès fut tel que cette technique visant à stimuler le système immunitaire est devenue depuis le porte-drapeau de la médecine scientifique, jusqu’à dessiner une ligne de partage entre lumière et obscurantisme, science et superstition. Comment prendre du recul sur la question quand les invectives de ces dernières années ont rendu tout débat inaudible ? Pour autant, la vaccination ne peut se soustraire à tout questionnement. Agit-elle sur l'organisme au-delà de la protection contre une maladie ? Sait-on que l’ordre dans lequel les vaccins sont administrés influence leur efficacité et leur éventuelle nocivité ? Faut-il vacciner tout le monde ? Les laboratoires instrumentalisent-ils la peur ? Qu’en est-il des effets sur le long terme à l’échelle des populations ?
Ce documentaire s’attache à mettre en lumière la complexité d’un débat aux multiples enjeux. Explorant les avancées scientifiques et les questionnements sur l’immunité, il prend en compte les bénéfices et les risques de la vaccination, et analyse la pertinence des politiques publiques. À rebours des clichés et des croyances, médecins et chercheurs de renom insistent notamment sur la nécessité de revoir notre rapport aux pathogènes et d’imaginer à l’avenir une vaccination plus ciblée et individualisée. L’OMS quant à elle, affirme que pour regagner la confiance des populations, les scientifiques doivent travailler en pleine lumière et partager leurs interrogations.