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De par la filiation avec UNIX, la ligne de commande (ou shell Unix) est toujours disponible dans GNU/Linux, quelle que soit la distribution.

Elle est restée longtemps incontournable, mais ce n'est plus vrai avec les distributions récentes et simples d'utilisation dédiées à l'usage personnel, telles que Ubuntu ou Kubuntu. Néanmoins, les aides en ligne mentionnent souvent la démarche à suivre en ligne de commande, même lorsqu'une configuration graphique est possible : cette méthode est plus universelle dans le monde GNU/Linux, et souvent plus facile à expliquer pour la personne qui aide, et son interlocuteur n'a qu'à copier-coller l'indication.

Une interface graphique bien conçue permet de nos jours d'accomplir la grande majorité des tâches bien plus agréablement, mais ce n'est pas toujours le cas, particulièrement lorsque la tâche a un aspect répétitif ou non prévu. La ligne de commande, qui tire sa puissance de sa possibilité de combiner à l'infini des sous-tâches automatiques, et qui permet presque naturellement d'automatiser la tâche ainsi accomplie, peut alors se révéler plus efficace que l'interface graphique. Scientifiques, ingénieurs et développeurs comptent parmi ses plus fréquents utilisateurs.

Interface graphique et ligne de commande peuvent aussi se compléter l'une et l'autre : KDE et GNOME sont livrés avec un terminal pour piloter, et donc, automatiser toutes les applications graphiques depuis la ligne de commande.