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Shinichi Kudo est un jeune homme de 17 ans, détective de génie à ses heures. Au cours d'une enquête, il est fait prisonnier. Mais plutôt que de le tuer, les bandits, des hommes en noir lui font absorber une substance qui le transforme en garçon de 6 ans. Ses parents vivant à l'étranger, il est recueilli par Ran son amie d'enfance et son père, un détective sur la touche, sous le nom de Conan Edogawa, neveu du professeur Agasa, ami des parents de Shinichi. Le jeune homme à l'aspect d'enfant, n'aura de cesse de retrouver sa véritable apparence...