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Inazuma Eleven suit les aventures de la petite équipe de football du collège Raimon.

On y suit l'évolution de Mark Evans, un jeune gardien de but, ainsi que de ses amis Axel Blaze, l'attaquant vedette de l'équipe, et Jude Sharp, meneur de jeu hors pair.
Ensemble, avec leur équipe, ils se lancent à la conquête du Footbal Frontier, tournois national qui décide de la meilleure équipe de football junior du Japon !