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Koyomi Araragi, un lycéen de troisième année, réussit à réchapper d'une attaque de vampire avec l'aide de Meme Oshino, un homme étrange résidant dans une construction abandonnée. Quoiqu'étant sauvé du vampirisme et maintenant un homme nouveau, plusieurs effets secondaires comme des capacités de guérison surhumaines et la vision améliorée reste toujours. Quand même, Araragi essaye de vivre la vie d'un étudiant normal, avec l'aide de la déléguée de classe, Tsubasa Hanekawa.

Un jour, quand sa camarade Hitagi Senjougahara tombe dans les escaliers et que Araragi la rattrape en plein vole, il se rend compte que cette jeune femme est anormalement légère. Malgré les protestations de Senjougahara, Araragi insiste pour l'aider, décidant d'enrôler Oshino, l'homme qui l'avait autrefois aidé à se sortir de sa situation fâcheuse.

Bakemonogatari suit Araragi, un "humain" qui essaye d'aider ceux qui souffrent de maladies surnaturelles.